Trong khi quân Cộng sản quấy rối khắp nơi thì tình hình chính trị miền Nam có nhiều rối loạn kể từ cuối năm 1960 với cuộc đảo chánh của tư lệnh lực lượng nhảy dù. Cuộc đảo chánh do các đảng phái quốc gia tổ chức tuy thất bại nhưng chứng tỏ Tổng Thống Ngô Đình Diệm đã không được sự ủng hộ của toàn dân. 

     Ngay từ khi về nhận chức Thủ Tướng, ông Ngô Đình Diệm đã được sự ủng hộ nồng nhiệt của quân đội quốc gia và 1 triệu đồng bào di cư. Chính sự ủng hộ này khiến TT Ngô Đình Diệm và nhất là cố vấn Ngô Đình Nhu có những tính toán chủ quan sai lầm dẫn đến sự sụp đổ của nền đệ nhất Cộng Hòa. Việc dẹp Bình Xuyên là cần thiết nhưng dẹp luôn các giáo phái khác và các đảng phái quốc gia nhất là áp dụng triệt để dụ số 10 ngăn cấm hoạt động của một số hội đoàn, các tôn giáo đã gây nên sự chia rẽ trong hàng ngũ quốc gia. Ngày 7-7-1963, Nhất Linh Nguyễn Tường Tam đã tự vẫn trong tù để lại di chúc “Lịch sử” đắng cay cho những người quốc gia: “Ðời tôi để lịch sử xử, tôi không chịu để ai xử tôi cả. Sự bắt bớ và xử tội tất cả các phần tử đối lập quốc gia là một tội nặng sẽ làm cho nước mất về tay cộng sản. Tôi chống đối sự đó và tự hủy mình cũng như Hòa Thượng Thích Quảng Ðức tự thiêu để cảnh cáo những người chà đạp mọi thứ tự do”.

     Đầu tháng giêng năm 1963, Cộng quân tấn công ấp Bắc gây tiếng vang bất lợi cho quân đội Việt Nam Cộng Hòa tại quốc hội Hoa Kỳ. Theo phúc trình của phái bộ  quân sự  Mỹ  Macv thì Cộng quân kiểm soát được gần một nửa dân số và lãnh thổ về ban đêm. Ngày 15-12-1964, bộ trưởng quốc phòng Mac Namara phải sang Việt Nam thị sát tình hình. Một kế hoạch có tên là Oplan 34A áp dụng biện pháp mạnh để thuyết phục Hà Nội vì lợi ích của chính họ mà từ bỏ ý định xâm lược miền Nam. Kế  hoạch chưa thi hành thì vụ Maddox xảy ra. Hạm trưởng chiến hạm Maddox loan báo chiến hạm bị các tiểu đĩnh của Cộng Sản dự định tấn công ngoài hải phận quốc tế từ ngày 2 đến 4 tháng 8-1964. Ngày 5-8-1964, sau cuộc họp với lãnh tụ lưỡng đảng quốc hội, TT Hoa Kỳ Johnson ra lệnh oanh tạc Bắc Việt. Nghị  quyết “Vịnh Bắc Việt” được quốc hội thông qua ngày 7-8 với đa số phiếu tuyệt đối ở hạ viện và 88/2 ở thượng viện cho phép quân đội HK được tham chiến mở đầu cho thời kỳ chiến tranh khốc liệt nhất tại Việt Nam từ 1965 đến 1973.

     Trước khi có những biện pháp quyết liệt, ngày 13-8 TT Johnson đã nhờ trung gian Seaborn trong phái đoàn Canada gặp Phạm văn Đồng một lần nữa để nhắc lại đề nghị của Mỹ hồi tháng 6 về việc “nhận viện trợ hay bị tàn phá?” thì Phạm văn Đồng nhẹ nhàng nhắc Seaborn rằng lần sau trở lại với những đề nghị mới của Mỹ nên dựa trên căn bản hiệp định Genève. Ngày 6-2-1965, Thủ Tướng Liên Sô Kossygin đến Hà Nội và lớn tiếng cảnh báo Hoa Kỳ chớ động đến Bắc Việt Nam. Không quân Liên Sô chuyên chở Hỏa tiễn Sam cùng các loại vũ khí tối tân, cố vấn và bộ đội chiến đấu phòng không đến Việt Nam dưới danh nghĩa chuyên viên. Ngày 7-2-1965, quân Cộng sản tấn công phi trường Pleiku, máy bay Mỹ từ đệ thất hạm đội tấn công cơ sở quân sự ở Đồng Hới. Chiến dịch “Sấm Rền” với hàng trăm phi cơ tấn công các kho đạn, các cầu đường ở miền Bắc.

      Sau khi đưa ra các đề nghị không được Cộng Sản Việt Nam chấp nhận, ngày 8-3-1965 hai tiểu đoàn Thủy quân lục chiến đổ bộ Đà Nẵng để giữ an ninh cho phi trường. Cộng Sản Việt Nam tuy tuyên bố mạnh nhưng cũng hiểu rõ quyết tâm của Hoa Kỳ nên Phạm văn Đồng mới bắn tiếng đề nghi Hoa Kỳ thương thuyết trên căn bản hiệp định Genève. Khi Hoa Kỳ leo thang oanh tạc miền Bắc thì quốc tế Cộng Sản phải vận động tuyên truyền cho phong trào phản chiến trên toàn thế giới chống chiến tranh. Ngày 16-10-1965, những cuộc biểu tình chống chính sách Mỹ tại VN được tổ chức đồng loạt tại London, Copenhagen, Stockholm, Brussels, Rome và 40 thành phố ở Hoa Kỳ.

     Tính đến cuối năm 1965 thì số quân Mỹ tham chiến là 175 ngàn. Chi phí chiến tranh cũng tăng lên đến 2,9% của ngân sách quốc gia. Ngày 29-9-1967, Tổng Thống Johnson đọc diễn văn ở San Antonio hứa ngưng oanh tạc nếu Cộng Sản Việt Nam không lợi dụng việc ngưng oanh tạc để đưa thêm người và vũ khí vào miền Nam. Hà Nội bác bỏ đề nghị có điều kiện này để chờ tình hình bầu cử TT Hoa Kỳ năm 1968 sẽ thuận lợi hơn. Tình hình chiến sự năm 1967 cho thấy quân Cộng Sản đã không đương đầu được với lực lượng cơ động “Tìm và diệt” của quân đồng minh. Tuy đạt được vài thắng lợi nhưng sau đó bị tiêu diệt nên lực lượng bị tiêu hao dần. Chính vì vậy, Cộng Sản Việt Nam quyết định đốt giai đoạn phát động “Tổng công kích, Tổng khởi nghĩa” để giành thắng lợi quyết định trước khi ngồi vào bàn hội nghị.

      Lợi dụng dịp tết Mậu Thân, Hà Nội kêu gọi hưu chiến 48 giờ. Chính phủ VNCH tuân thủ lệnh hưu chiến cho quân đội công chức về quê ăn tết. Ngày 30-1-1968, Hà Nội ra lệnh tổng tiến công Mậu Thân trên toàn lãnh thổ Việt Nam Cộng Hòa. Ngày 11-2-1968, Việt Nam Cộng Hòa ra lệnh Tổng Động viên. Ngày 24-2-1968, quân lực Việt Nam Cộng Hòa tái chiếm thành phố Huế. Theo thống kê thì 4.954 binh sĩ VNCH tử trận, 3.895 binh sĩ Hoa Kỳ và các nước đồng minh và 14.300 thường dân bị chết oan.

      Về phiá Cộng Sản đã thú nhận thất bại nặng nề vì “đánh giá cao lực lượng mình, đánh giá thấp lực lượng địch và do tư tưởng nóng vội muốn giành thắng lợi lớn, kết thúc chiến tranh nhanh nên nhiều vùng nông thôn giải phóng của ta trước đây bị địch chiếm. Mục tiêu của cuộc tổng tiến công và tổng nổi dậy không đạt được đầy đủ. Lực lượng của ta bị tổn thất nhiều với 111.306 cán bộ, chiến sĩ lực lượng vũ trang và chính trị ở miền Nam đã hy sinh và bị thương…”. 

     Sau cuộc tổng tiến công tết Mậu Thân, về phương diện quân sự thì hầu như toàn bộ lực lượng quân giải phóng bị tiêu diệt. Về phương diện chính trị cũng hoàn toàn thất bại vì nhân dân miền Nam không những không ủng hộ mà còn chán ghét ghê tởm hành động dã man của cộng quân. Nếu đồng minh Hoa Kỳ và VNCH biết khai thác thời cơ, huy động các sư đoàn chủ lực thiện chiến như lực lượng nhảy dù, Thủy quân Lục chiến, Biệt Động quân tung ra những trận đánh thẳng vào miền Bắc thì tình hình có thể đã thay đổi.

     Sự kiện tòa đại sứ Mỹ bị tấn công và hơn 3 ngàn quân nhân Mỹ tử thương đối với nhân dân và quốc hội Mỹ là một tổn thất hết sức nặng nề về mặt tâm lý. Người dân bất bình với chính quyền Johnson vì danh dự bị tổn thương, đời sống khó khăn hơn vì phải đóng thuế thêm 10% cho ngân sách quốc phòng. Ngay trong đảng dân chủ, TT Johnson bị nhóm chủ hòa phê phán chỉ trích. Ngày 31-10-1968, TT Johnson tuyên bố ngưng các cuộc tấn công trên lãnh thổ Bắc Việt trừ khu vực dưới vĩ tuyến 20 và đề nghị mở hòa đàm với Bắc Việt. Đồng thời TT Johnson tuyên bố sẽ không ứng cử và cũng không chấp nhận đảng dân chủ đề cử để hậu thuẫn cho Phó TT Humphrey tranh cử Tổng Thống. 

     Ứng cử viên Mac Govern của đảng dân chủ với lập trường chủ hòa, sẵn sàng lập chính phủ liên hiệp với Mặt Trận Dân tộc Giải phóng Miền Nam nên chính phủ Việt Nam Cộng Hòa không chịu tham gia hòa đàm. Trong khi ứng cử viên Nixon của đảng Cộng Hòa với lập trường cứng rắn tuyên bố úp mở rằng đã có kế hoạch bí mật để chấm dứt chiến tranh Việt Nam đã thắng cử với đa số phiếu cử tri đoàn (302/191) và 43,3%/ 42,7% số phiếu cử tri.